>>111
リトルエンディアンで読み込みたいって話？

ビッグエンディアンで読み込んで Short.reverseBytes(); するか
((byteData[i + 1] & 0xFF) << 8) | (byteData[i] & 0xFF)

Byte#toString() は符号付き10進数の文字列に変換するから
> intData[i] = Integer.parseInt( b.toString(),16 );
だとダメなはず。