やっぱりなあ… $_ に一行ずつ(一つ目の\n(?OR \r\n)まで)しか
入れてないのに、$_ に \n\n が入ってるわけ無いだろ…
行単位以外の入力もいろいろやりかたあるけど、
perl以前にアルゴリズム勉強し直し?