かぶらないようにする必要性がわからんが、
既に描いたラインかどうかをチェックして2度目は描かないようにするだけだろ。
チェックを高速化したいならラインリストを作ってソートしておけばいい。
ラインリスト内のラインは頂点番号の若い方が前に来るようにしておいてな。

そんな面倒なことをしたくないなら、デプステストをうまく使うなり、
何回描いても結果が変わらないアルファブレンドを選ぶなりすればいい。
（そもそも半透明でないラインだったら何回描いても気にする必要は無い。）