まぁ、一応リンク貼っておくか。

7. 著作権(copyrights)はどうなっていますか?
ttp://www.sixnine.net/cygwin/translation/faq/faq_7.html
「現在、Cygwin の商用利用(proprietary use)は商用利用ライセンスを通じてのみ可能です」

Cygwin DLLを使わなきゃいいのかもしれないけど、
それなら最初からMinGW使っておけ、みたいになるんじゃないの。