どなたかアドバイスお願いします。

今、cygwinとperlを使って巨大なデータを処理しています。
データを処理する際に、grepコマンドを使っているのですが、
１つ目の処理するファイルではgrepコマンドは正常に動いているようなのですが、
次のファイルの処理に移ると、
「Usage: grep [OPTION]... PATTERN [FILE]...
Try `grep --help' for more information.」
と返され、以後のファイルも同様の表示が出て処理できません。

パターンにマッチする文字列が多いから絞れってエラーだとは思うのですが、
データが巨大なため、grepで文字列の指定を増やすことはできません。
プログラムにバグはないです。
cygwinの設定を変えればいいのかな、とは思うのですが具体的にどうすればいいのかわかりません。

どなたかよろしくお願いします。