すいませんxとy逆でしたね．直したのですが，画像自体が
縦横同じ幅なのでやはり同じエラーがでてしまいました．


import sys, Image

im = Image.open(sys.argv[1])
(w, h) = im.size

for y in range(h):
  for x in range(w):
    v = im.getpixel((x, y))
    im.putpixel((x,y), v)