>>590
やってみましたが、やっぱりタスクバーと Alt + Tab 表示が連動してしまっているようです。

>>587
ウィンドウエクスプローラで調べて CreateWindowEx してみましたが駄目でした。
どうもウィンドウスタイルの問題じゃ無いみたいです。

で、
「〜のプロパティ」ダイアログは StubWindow32 という不可視ウィンドウが親らしいので、
まさかと思っていろいろ試してみたら、
どうやら DialogBox() や PropertySheet() を呼び出すときに、
不可視ウィンドウを親に指定すれば Alt + Tab のリストに表示されることがわかりました。
何なんだこの仕様…。

ということで無事解決できました。
助言してくださった方々、ありがとうございました。