すいません、書き方が悪かったです。

Windowsとかで、jarファイルをダブルクリックして起動することができますよね。
そういった事が可能なようなJarファイルの作り方は分かったのですが（マニフェストファイルとか入れて）
そういった起動をする時に与えるプログラム引数をjarファイルの中にあらかじめ設定しておきたいわけです。