あースイマセン、正しくはこうです。
変数atl=0に、conl[d]!=99の条件を満たす0以外の数字0〜5が入るまで繰り返す文なんですが、
このランダム関数の値が、ループする度に変わるのかという質問でした。

do
{
int d = (int)(random()*100);
d = (d%6);
if(conl[d]!=99) atl = d;
}while(atl != 0);