CPUは1つの命令を実行するのに何段階かの行程を経る必要があるのです。

モダンなCPUには丁度ベルトコンベアで流れ作業するような感じで、命令の実行までの処理を順番に
流していくための機構が備えられています。これをパイプラインという
これにより、見た目上、１つのパイプラインで1命令1クロックで命令が実行されることになります。

ただ、すぐ次の命令の流れが前の命令の実行結果に依存してる場合、

・投機実行を備えてないプロセッサの場合、分岐先が確定するまで
　何を流せばわかりません。したがって、それだけ待たされることになります。

・分岐予測＆投機実行なんかが導入されてる場合（大抵のx86アーキはそう）でも、
　予測が外れた場合、投機してたステージを全部破棄して再度読み直すことになります。

10ステージのパイプラインなら10クロック＋αは、分岐（or投機失敗）のたびに、
命令実行が止まることになります。これがストール。