マルチスレッドなプログラミングで、かつ、フックプロシージャを
複数インストールする場合(ローカルフック)、フックハンドルの
保存の仕方で良い定石みたいなのがあるんでしょうか？

普通にstatic変数で保存すると結構な数になってしまうもので…