皆さんアドバイスありがとうございます。

>>75
http://www5d.biglobe.ne.jp/~stssk/rfcjlist.html
ここ長いのですが、iso-2022-jpとタイトル打ってるとこだけ読んでみます。
文字化けではないのですね。またなにか勘違いをしていたようです。

>>76
ということはBase64をデコードすればいいのかな。

string str = "Subject: =?iso-2022-jp?B?GyRCJCIkJCQmJCgkKhsoQg==?=";
byte[] byteArray = Encoding.ASCII.GetBytes(str);

string str2 = System.Convert.ToBase64String(byteArray);

MessageBox.Show(str2, "test32");

このように書いてデコードしてみましたが、あいうえおには戻りませんでした(T T)

メールの受信は、.NETでは標準でライブラリが提供されてないということで、ネットでいろいろ検索した
メール受信のコードをそのまま引用しました。

string msg = Encoding.GetEncoding(50220).GetString(ms.ToArray());

の記述から、JISにエンコードして、stringに入れて返してるんだろうなと思われます。

>>78
メールの仕様をまず勉強したほうがいいのですね。
調べてそれでもわからないときは、ふさわしそうなスレで相談しようかと思います。