コマンドプロンプトで実行できるなら実行環境の違いだろ。
main() の一番最初で

System.out.println(System.getProperties());

とかして、コマンドプロンプトと Eclipse の実行環境の何が違うか、
何で違うか、どうやったら同じにできるか考えてみそ。