>>708で質問したものです。
皆さんに言われ、readを使って自分なりに考えてみたのですが。
なんと、、readを使うと以前より大幅に処理スピードアップしました！！！
ここまで違うとは思いませんでした。ちなみにあの記述だと1つのファイル5分位かかっていたのですが
readを使った方法では1秒強になりました。何が原因だったんでしょう？やはりメモリに一気に
読ませてたことなのかな？
自分はこんな感じでreadを使いました。

open(FILE,"<$file") or die "ERROR:そのようなファイルはありません。\n";
while(read(FILE, $gyo, 85)){
push @alls, $gyo;
}
foreach(@alls){
print OUTPUT "$_\n";
}
close(OUTPUT);
close(FILE);