うん。
2003じゃ.NET 1.1の開発しかできない。2003を入れたときに自動的に.NET 1.1がインストールされる。
逆に2002では.NET 1.0の開発しかできない。2002を入れたときに自動的に.NET 1.0がインストールされる。

あなたの環境は矛盾している＝何らかの勘違いが存在している。