Dojaの開発環境からではなく、コマンドラインからビルドしようとして以下を実行しました。

> javac -g:none -target 1.1 -classpath c:\iDKDoja4.0\lib\classes.zip;c:\iDKDoja4.0\lib\doja_classes.zip -d c:\idkDoja4.0\apps\\Hoge\temp c:\idkDoja4.0\apps\Hoge\src\Hoge.java
> c:\iDKDoja4.0\bin\preverify -classpath c:\iDKDoja4.0\lib\classes.zip;c:\iDKDoja4.0\lib\doja_classes.zip -d c:\idkDoja4.0\apps\\Hoge\temp\output c:\idkDoja4.0\apps\\Hoge\temp
> jar -cfM c:\idkDoja4.0\apps\\Hoge\bin\Hoge.jar c:\idkDoja4.0\apps\\Hoge\temp\output

すると、Dojaからビルドした場合と比べ200バイトぐらい大きくなり、エミュレータ、実機ともに
java.lang.ClassNotFoundExceptionというエラーになります。

コマンドのパラメータの指定などおかしいとこがあったら教えてください。