>>416
完璧ではないですが、とりあえず、
WM_WINDOWPOSCHANGEDをWH_CALLWNDPROCで引っ掛けて、
そこで
SetWindowPos(hWndTarget,HWND_TOPMOST,0,0,0,0,SWP_NOSIZE|SWP_NOMOVE|SWP_NOACTIVATE);
すれば、”書き換えの早いアプリであれば”きにならない程度にはなる様です。

POPUPウインドウ（メニュー含む）は、上記をWM_CREATEのタイミングでやるとキレイに消えます。
システムポップアップメニュー(タスクバーで右クリック)、スタートメニュー時のタスクバーのシャシャリ出
に関しては、更なるキレイに消えるタイミングを調査中。。。

SetWindowPosは思ったより軽いので、結構呼び出しても平気かと（ただし自ウインドウへのループに注意！）

416殿、よければ”キレイに消えるタイミング”の調査協力してください（；；）
#32771に関しては、自分でその部分を作った方が早い気がします。

APIフックででもやってみたいんですけどね〜。
なんかややこしそう＆時間無いっつー状況です。