立て続けにすみません。
最終的な目標はファイルのタイムスタンプを変更することなのですが、
SetFileTime()に渡すFILETIMEはローカル時刻、UTCどちらを渡せばよろしいのでしょうか。

http://www.microsoft.com/japan/msdn/library/default.asp?url=/japan/msdn/library/ja/jpsysinf/html/_win32_setfiletime.asp
ではFATとNTFSの違いには言及していますが、引数の仕様がよくわかりませんでした。