>>270
使うデータを構造体にして、それを一括で malloc すると便利じゃないかな。

typedef struct {
　double eigen_vector[MAX_IMAGESIZE][MAX_IMAGESIZE];
　double eigenT_vector[MAX_IMAGESIZE][MAX_IMAGESIZE];
} MYDATA;

みたいにして、

void klt_data()
{
　FILE *fp;
　char buffer[MAX_BUFFERSIZE];
　char file_name[MAX_FILENAME];
　MYDATA　*data;

　data = malloc(sizeof(*data));

}

こんなかんじ。
MYDATA のメンバに、関連する変数も一緒に入れておくといいと思う。
あと、malloc したメモリがいらなくなったら free を忘れずに。