SpeedHelpPadを使用してヘルプファイルを作成していますが、
Web上に掲載したいのでコンパイルしてほしくないのです…。

HTML+CSSかなんかにできるんでしょうか？
作者の方もWeb上にあげられているのでできると思うのです。
ファイル→HTML Help Workshopプロジェクトの出力
でできた、○○.hhkとかをFTPでアップロードしたらOKですか？