よくあるようなschemeコンパイラが出力するネイティブコードには
1) プログラム全体のS式(パースなどはされてるかも)
2) S式を評価するインタプリタ(eval)
に加えて、最適化用に
3) defineされた関数をコンパイルしたネイティブコード
があらかじめ含まれてる、って理解でいいかな。

しかし一部のschemeコンパイラ(chezとか)の異常な速さには、
もっと秘密がありそうだｗ