3.1への移行についてですが
試しに3.0側でテストプロジェクトを作って以下のことを実行してみました。

Eclipse3.0側
プロジェクトを右クリック
[エクスポート]を選択
ZIPファイルを選択
ZIPファイル保存先を指定しエクスポート。

Eclipse3.1側
先ほどエクスポートした名前と同じ名前のプロジェクトを新規作成。
[File]->[import]を選択。
Archive Fileを選択。
From Archive File : に先ほど圧縮保存したZIPファイルのパスを指定。

ディレクトリツリーはルートであることを示す '/' を選択。

Into Folder には / を入力しておく。
[Finish] をクリック。

これで無事にEclipse3.0のときと同じディレクトリ構成を
保持したままインポートが完了しました。

しかしこれではあまりにも腑に落ちないものが多すぎです。
なぜなら、プロジェクトが10個あれば
その数だけ10回も3.1でプロジェクトを新規作成しなければ
ならない手間がかかるからです。

これらを効率よく実行できる方法がありましたらご教授願います。