ユーザのフォルダに設定ファイルを置くと、
1つのフォルダごとコピー・移動・削除
では済まなくなるので、レジストリと大差ないんだよね。
その割には、メリットがない。

EXEと同じフォルダにINIファイルを置くのは、
シングルユーザ当たり前のDOS時代の悪い慣習を引きずってると思う。

レジストリにすれば、ファイルのインストール先を気にしなくていいし、
レジストリをバックアップすれば、一括して設定をバックアップできるよね。