書き込みしたあとも色々試してみたのですが、
どうやら、ウィンドウ（メインのウィンドウ）が表示されている間に
メッセージボックスを出そうとすると表示されないということが分かりました。
WM_CREATEではうまくいきますが、WM_LBUTTONDOWN等ではうまくいきません。