すいません、こちらでいいのか分からないのですが、質問させてください。

現在、RedHat linuxのエンタープライズバージョンを使用しての開発を
やっているのですが、JDKをインストールする際のbinファイルとrpmファイル
では、JAVAのプログラムの挙動が変わってしまうのです。

内容としては、String#getBytes()メソッドを呼び出した場合の
デフォルトキャラクタセット文字列が異なるということなんですが、
rpmで入れた場合だとUSになってしまい、binだとEUC-JPなんです。

実は開発をbinでやり、ユーザはrpmでインストールしてしまって
判明したことなのですが、原因がどうしてなのかを報告する必要が
出てしまいました。

binとrpmの違いって他にもありそうな気がするのですが、どなたか
そういった情報をお持ちの方はいないですか？