>>959
ちょっとよく分からないで書いてる部分もあるけど、
親プロセスを取得することは可能みたい。
というわけで、FindWindowしたウィンドウが親プロセスの
ウィンドウかどうかを確かめるなどの方法で、確実に起動元の
ウィンドウを特定することは可能だと思う。

親プロセス取得は、
- Retrieving the parent of a process (WinNT)
ttp://www.codeguru.com/Cpp/W-P/win32/article.php/c1437/
- class Win32_Process
http://msdn.microsoft.com/library/en-us/wmisdk/wmi/win32_process.asp
※ ParentProcessIdというメンバ
あたりを見てみました。