つまりさあ、
制御DLLだけは663が弄れるんだろ？

アプリ１ → 制御DLL → 付属DLL

最初のアプリ、制御DLLで２つスレッド立ち上げるんだわ。
付属DLLを制御するスレッド
制御スレッドに命令を送るスレッド
ついでにCreateMutexかなんかの排他制御用オブジェクトと
命令通知用のイベントオブジェクトを作る。
データを共有したかったら制御DLL内に共有セクション作ればいい。

アプリ２ → 制御DLL

制御DLLがこんときに立ち上げるスレッドは１つ
制御スレッドに命令を送るスレッド
付属DLLはアプリ１の制御DLLが占有してるのでリンクしない。

これでわかんねーかなあｗ