> 自分が定義したクラスのインスタンスの配列を作って使おうとしたのですができません
もちろんできる。
どうやってできないことを確かめたのか書いてくれ。

hoge[hoge.size] = Hoge.new
hoge[hoge.size].setHoge(1)
2行目のhoge.sizeは１行目より1大きいぞ。