>>190
Linux上のruby 1.8.2、tk 8.4.9で試したところ、
プログラム間でのコピー＆ペーストで文字化けしません。

他のプログラムとの間でも同様に文字化けするのでしょうか？
クリップボードを監視変更するようなプログラムが動作していませんか？