論理和とったら
[[1, 1, 0, 1], [0, 1, 0, 0], [0, 1, 0, 1], [0, 0, 0, 1], [0, 0, 1, 0], [1, 0, 0, 0]]
にならないか?

a = [[1, 1, 0, 0], [0, 1, 0, 0], [0, 1, 0, 1], [0, 0, 0, 1], [0, 0, 1, 0], [1, 0, 0, 0]]
b = [[0, 0, 0, 1], [0, 1, 0, 0], [0, 1, 0, 0], [0, 0, 0, 1], [0, 0, 1, 0], [1, 0, 0, 0]]
i = -1
puts a.map{|x| x.map{|y| i+=1; y | b.flatten[i]; }}.inspect