.NETで動的プロパティでコンフィグレーションを設定するのに
読み込みはできるのですが、書き込みはできないのでしょうか?

簡単にiniファイルなどの設定を保存する機構を実現するためには
独自のオブジェクトをXMLでシリアライズするしかないのでしょうか?
(レジストリ保存意外の方法の場合)