画面の座標や大きさといった状態を保存する目的なら分離ストレージを使います。
ユーザー毎に設定できる上にレジストリも汚れないので重宝してます。
xxx.exe.configは動作環境の定義＋簡易リソース的なファイルだから、
アプリで書き出すと必要な情報を壊してしまいそうで怖いです。