Eclipseの、2.1.3と3.0.1の両方を使っています。
2.1.3のみを使っていたときは特に問題は無かったのですが、3.0.1でJVMがダイアログを出して異常終了するようになりました。特にディレクトリ操作を行う瞬間が多いようです。

とりあえずは、ということで新しいバージョンのSDKを入れようと思うのですが、既にインストールしてあるEclipseの設定を変更する必要はあるでしょうか？
また、具体的にどのあたりを修正する必要があるでしょうか？
「ここを見れ」で結構ですので、教えていただければ幸いです。
これで直らないようでしたら、また御相談させてください。

＃一応……現在のJavaSDKのバージョンは1.4.2_03です。