ミスってますね、
>>662、668、670
でした。

>>677
ん？シェルの「<」をどうやって無視するかって話？それなら難しそうだけど。
662と668がやりたいのはあくまで処理対象ファイルをどうやってEclipseに渡すかでは？
どうしても「<」とか「＞」とか使いたいなら
switch(arg[i]) {
　case '>':
　　outputFileName = arg[i+1];
　　break;
　case '<':
　　inputFileName = arg[i+1];
　　break;
}
でいいんでは？
すっごい誤解をしてそうな自分が怖い。