>>662
リダイレクションをサポートしてるＯＳなら、もろ、
> $ java Search mojiretu < 検索対象ファイル

で、検索対象ファイルの内容が、 System.in　から読めるはず。

リダイレクションを使わないなら、コマンドラインは、
$ java Search mojiretu 検索対象ファイル
として、

　public static void main(String[] args) throws FileNotFoundException {
　　String kensaku_mojiretu = args[0];
　　File file = new File( args[1] );
　　FileInputStream fi = new FileInputStream( file );
・・・

で、fi から読めるはず。