CDTを入れて、試しに簡単なC++アプリを書いてビルドしてみました。
しかし、以下のようなメッセージが出てコンパイルできません。

make: cl: Command not found
make: *** [helloworld.exe] Error 127

ソースとmakefileは以下の通りです。

/* HelloWorld.cpp */
#include<iostream>
using namespace std;

int main(){
cout <<"Hello Eclipse with CDT World!!\n";
return 0;
}

/*makefile*/
helloworld.exe : HelloWorld.cpp
cl -GX HelloWorld.cpp


環境変数にはきちんと cl.exe へパスを通していますし、
DOSプロンプトやcygwinコンソール上からは"make"で問題なくビルドできます。
どこかでパスを指定してやらねばならないんでしょうか？