> /WEB-INF/src内のフォルダにリソースファイルがあると
なぜこんなところにフォルダを作る必要があるのか
実行時に参照したければ WEB-INF/classes 以下に置けばよい

> やっぱり、普通のプロジェクトでもリソースファイルが
> ソースフォルダ内に一つでも含まれていると
xml にしても properties にしても、
今まで何度となく使ってきたが、何ら問題なし (eclipse 2.x/3.x)
ビルド時にソースフォルダ -> 出力フォルダにコピーされる

> eclipseのバグとしか思えません。
と思う前にまず自分を疑え