フックとかについて詳しくないんで、メッセージボックスで出来るかどうか私は知らない
プロシージャのアドレス受け取ってすげ替えればいけるのかな?

強引な方法で、もう一個プログラム作るのはダメ?
メッセージボックス作る直前に、「時間が経つと、任意のメッセージボックスを閉じるプログラム」を実行するっての
閉じるメッセージボックスの選択は、ウィンドウテキストをユニークなものにして、サーチするとか
(スレッドとかのが、まだスマートに出来るけど)