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スレ違いではあるんだが一応。
ベ　ー　シ　ッ　ク　デ　ィ　ス　ク　で　も　で　き　ま　す　よ　？
NTFS にしとけば OK なはず。つか実際使ってますが。
FAT32 と間違ってるんじゃない？

普及してない理由としては、標準状態で簡単に使えるインタフェースが用意されていない、
アプリによって挙動が異なる、があると思う。
例えば、適当なファイル、サブディレクトリがあるディレクトリに対するリパースポイント
(ジャンクション)をエクスプローラで削除してみれば納得できるかと。
あ、あくまでテスト用のごみファイルでやりましょう。