＞ J2EEコンテナに配備したインスタンスに対して、
＞ リモートアクセスするときはJNDI名でlookupするけど、
＞ 同じコンテナ上のアプリからのアクセスは
＞ java:comp/env/...という名前になるよね？

そうとも限らない。
リモートアクセスでもjava:comp/env/...が使えるコンテナなら
使った方がよい。結合が疎になり、アプリケーションの
ポータビリティが高まる。