わるいTimer勘違いしてた
javax.swing.Timerの方だよね？

こっちだったら
public void stop()
Timer を停止し、リスナーへのアクションイベントの送信を停止します。
というメソッドがある

複数生成は
Timer t1 = new Timer(1000,this);
Timer t2 = new Timer(1000,this);
第二引数は適当に変えてもいいよ
とすればできます