フローチャートは時代遅れといわれますが、(自分も冗長的行為と思っています)
論文中などで処理アルゴリズム、シーケンスを説明するときは
現在どのような表現手法が用いられているのでしょう？

UMLのアクティビティ図もフローチャートと対して変わらず、
なかなか書く気になりませぬ。