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>修正箇所がアプリケーション中に分散してしまうことなどがあると

あっちこっち直すことになるかもしれないが、
どの業務機能から使われてるかが分かるから影響範囲が明確になる、とも言える。
これは高度に抽象化をおこなわないことによるメリットかな。

修正が難しいのはデータを「変更」する処理だろうが、それって分散して存在することは稀。
SeasarならS2Daoでエンティティ単位の管理ができるから、そんなに大変ではないだろう。
主として影響を受けるのは大抵は入力・表示関係。そしてそれはUI層の問題だから別の話になる。