以下のコードです
ていうか、SHIFT_JISにしてしまってから、
処理してます

String str = new String("や^まタ","SHIFT_JIS");

for (int i = 0; i < str.length; i++) {
if (str[i] == '^' ) {
println("1");
continue;
}else if (str[i] == '^' ) {
println("2");
}
}