java, javac オプションにありました。
一応どうやったを書いておきます。
ディレクトリ構造が
C:\java\dir1\dir2\Test.java
C:\java\dir1\A.java
で、Test.javaからA.javaを利用する場合、
dir2>javac -classpath C:\java\; Test.java
dir2>java -classpath C:\java\; Test
とやるとうまくいきました。
うーんメンドイ。多少楽をする方法はあるようですが。
";"を省略すると、コンパイルはできても実行できませんでした。

参考
ttp://www.atmarkit.co.jp/fjava/onepoint/java/jv_clpath.html
ttp://www.atmarkit.co.jp/fjava/onepoint/java/jv_ext.html