>>552
ちゃんと期待通りにMyThread#run内でMainThreadと合流しますよ。
プロンプトが帰って来るはずの無い時間内で終了してしまうのならMainThreadが異常終了してるんじゃないですか？

あるいはjava MyThreadとして起動するときにバックグラウンドで実行するようにコマンドプロンプトかスクリプト（bat)で指定してないですか？