mathematicaなんていうのは、一般的な数学計算を対象にしているから
シュミレーションのように極度に特化したものを本気でやりたいなら
専用のプログラムをCかなんかで作って行うべし。でないと、
スピードも遅いし、シュミレーションの検証もまともに出来ない。
まあ、結果を整理する時には便利かもしれないが。