Message Passing Interface (MPI) 統合スレ
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0001デフォルトの名無しさん
NGNGとりあえず本家
http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/
0116114
2006/03/03(金) 17:57:11ありがとう！
やってみるね！
0117デフォルトの名無しさん
2006/03/07(火) 16:00:54なんか練習問題みたいなのはないですか？
そんな大規模演算をする機会もないし、
練習用に何かお勧めなものはありますか？
0118デフォルトの名無しさん
2006/03/07(火) 17:20:48ヤコビ法の並列化
LU分解の並列化
2次元FFTの並列化
0119デフォルトの名無しさん
2006/03/07(火) 17:27:38e計算の並列化
0120デフォルトの名無しさん
2006/03/07(火) 19:24:56コマンド１
コマンド２
.
.
.
コマンドN
という独立したジョブが書いてあるテキストファイルを読み込んで、
P個のプロセッサで実行させるプログラム。
コマンドに依存関係つけるとなおよし。
0121デフォルトの名無しさん
2006/03/12(日) 16:05:090122デフォルトの名無しさん
2006/03/12(日) 16:09:320123デフォルトの名無しさん
2006/03/12(日) 21:03:03↓にモードの説明が。
http://www.mpi-forum.org/docs/mpi-11-html/node40.html
MPI_Ssendがない実装もあるようだし、返答をMPI_RecvかMPI_Barrierするのが確実じゃない？
バンド幅を測るとかの場合、受信が完全に終了したのを確認するにはこれしか方法がなさげ。
0124http://www.vector.co.jp/soft/win95/util/se072729.html
2006/03/18(土) 21:10:21もしくは64bitにネイティブ対応したテキスト置換ソフトありますか？
そういや64bitにネイティブ対応している２ｃｈブラウザてありましたっけ？
0125デフォルトの名無しさん
2006/03/19(日) 11:52:280126デフォルトの名無しさん
2006/03/24(金) 20:00:53以下のようなプログラムでも時間が３秒かかります。（VC++、IntelC++とも）
MPI_Finalizeの終了処理に時間がかかっているようですけど
対策をご存知の方いっらいしゃますすか。
#include "mpi.h"
int main(int argc, char **argv) {
MPI_Init(&argc, &argv);
MPI_Finalize();
return 0;
}
0127デフォルトの名無しさん
2006/04/13(木) 06:48:210128デフォルトの名無しさん
2006/04/13(木) 08:13:11一度に複数の相手と通信したり、
通信中に別の計算させたりするもの
0129デフォルトの名無しさん
2006/05/08(月) 21:15:200130デフォルトの名無しさん
2006/05/11(木) 15:37:350131デフォルトの名無しさん
2006/06/02(金) 08:31:400132デフォルトの名無しさん
2006/06/03(土) 01:56:38そんな仕様はない
0133デフォルトの名無しさん
2006/07/30(日) 21:08:39明日からmpi使うらしいんで勉強してきます
0134・∀・）っ-○◎● ◆R.I.S.K.0.
2006/07/30(日) 22:45:31アレって単にプロセス間通信やるだけよね？
プロセスレベルマルチタスクであってスレッドレベルマルチタスクじゃないよね？
0135デフォルトの名無しさん
2006/09/05(火) 22:49:52int main(int argc, char **argv){
int procs, id;
MPI_Init(&argc, &argv);
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &id);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &procs);
printf("#### %d, %d ####\n", id, procs);
MPI_Finalize();
return 0;
}
なmain.cソースファイルを生成し，
mpicc main.c
mpirun -np 1 a.out
したところ
0 - <NO ERROR MESSAGE> : Could not convert index 1140850688 into a pointer
The index may be an incorrect argument.
Possible sources of this problem are a missing "include 'mpif.h'",
a misspelled MPI object (e.g., MPI_COM_WORLD instead of MPI_COMM_WORLD)
or a misspelled user variable for an MPI object (e.g.,
com instead of comm).
[0] Aborting program !
[0] Aborting program!
p0_11706: p4_error: : 9039
と言われてしまいました．
fortranプログラムでもないし，COMMをCOMと打ち間違えてもいないし……というわけで，原因・解決方法をご存知の方おりましたらご教授くださいませ．
0136135
2006/09/05(火) 23:46:15吊ってきます．
0137デフォルトの名無しさん
2006/10/25(水) 11:29:000138デフォルトの名無しさん
2006/11/16(木) 01:19:10mpdはローカルであれば、正常に起動してicpiなどきちんつ動いているのですが、
ネットワーク越しのリモートで分散させようとすると（mpdboot, rshに書き換え済み）
動作しません。
failed to ping mpd ...といったエラーがでます。
ちなみにrshは単体ではパスワードなしで動作しています。
Fedoreの設定はファイヤーウォールはインストールしていますが、
「ファイヤーウォールは無効」でやっています。
むしろmpdというよりもFedoraの設定のような気がしますが、同様な症状を
経験された方はおられますでしょうか？
0139デフォルトの名無しさん
2006/11/28(火) 16:48:25それをLinux fedora3のgccとMPI環境で並列化しました。
いまのところWin１CPU版とFedoraMPI版は同じ結果を出してくれるので、いいのですが、
ソースをメンテナンスするときに、まず１CPU版で試して、それをMPI版に移植する作業
が結構わずらわしいので困っています。
MPI版はシミュレーション空間をｎ分割(n≧2)する仕様になっているので、n=1として
Windows上で動かすことはできません。
そこで思ったのですが、DUAL COREのWindowsマシンならば、そこにMPICH2をインストールして、
n=2で動かせば、CPUも2個使えるし、今後、MPI版のみメンテナンスすれば、fedoraでも
Windowsでもソースを共通化できるので、楽になると思ったのですが、この作戦、
どうでしょうか？何か注意すべき点などありましたら、アドバイス御願いします。
0140デフォルトの名無しさん
2006/11/29(水) 18:55:13mpi詳しくないけど
CPU二個とnode二個はぜんぜん違うからできないんじゃないの?
0141デフォルトの名無しさん
2006/11/29(水) 20:04:150142デフォルトの名無しさん
2006/11/30(木) 10:50:29ありがとございます。やってみます。
ところで、MPIプログラムのデバッグって、皆さんどういうふうにやっていますか？
私にはとても難しいです。というのは、エラー発生しても、どこかのnodeでエラーが
起こった程度のことしかわからないので、怪しげなところにprintfを沢山いれて探し
出すという泥臭い方法でやっています。
一方WindowsのVCの環境だとDebuggerでSTEPで一行ずつ実行できるので、便利なのですが、
MPIプログラム開発でも、でも何かそういう統合的な開発環境や高性能なDebuggerって
あるのでしょうか？
0143デフォルトの名無しさん
2006/12/01(金) 00:13:290144デフォルトの名無しさん
2006/12/02(土) 21:56:05ほんまかいな？
0145・∀・）っ-○◎● ◆DanGorION6
2006/12/02(土) 22:26:170146デフォルトの名無しさん
2006/12/03(日) 19:00:27MS MPI
あたりでぐぐりぇ
0147・∀・）っ-○◎● ◆R.I.S.K.0.
2006/12/03(日) 19:07:050148・∀・）っ-○◎● ◆R.I.S.K.0.
2006/12/03(日) 19:07:200149デフォルトの名無しさん
2006/12/04(月) 11:56:46>Windows Compute Cluster Server 2003
これを買わないとWindowsXPでMPIはできないの？
0150デフォルトの名無しさん
2006/12/04(月) 15:24:37huge-test.cpp(11): warning #1188: floating-point value cannot be represented exactly
double a=HUGE_VAL;
とワーニングが出るんだけど、どうしたらいいかな？？
0151デフォルトの名無しさん
2006/12/24(日) 01:09:15判別して処理を書き換えるという方法に問題はあるでしょうか？
また一般的ですか？
それとも処理ごとに書き換えた関数を用意して、
呼び出す側でIDによって呼び出す関数を変えた方が良いのでしょうか？
ご回答よろしくお願いします。
0152デフォルトの名無しさん
2006/12/24(日) 14:18:16スレタイ嫁
0153デフォルトの名無しさん
2007/01/03(水) 16:11:550154デフォルトの名無しさん
2007/01/14(日) 01:14:46以下のようなエラーを吐いてしまいました。
どなたか原因がわかる方いませんでしょうか。
pingでお互いのホストは認識されています。
>ERROR: The root process on "hostname" has unexpectedly exited. Exit code = -1073741515
0155デフォルトの名無しさん
2007/01/14(日) 13:35:32[hostname]ユーザーが登録されてるクラスタのプロセスがおかしいって言ってるね
もうちょっと構成とか詳しく
0156デフォルトの名無しさん
2007/01/14(日) 16:33:20レスありがとうございます。
大学の研究室のマシン（XP)で、お互い同じワークグループに入っているようです。
構成についてもっと詳しく書きたいのですが、
どのように調べてどういった情報を書けばいいのか教えていただけますか？
よろしくお願いします。
0157154
2007/01/15(月) 19:54:35調べたのですがやはりよくわかりません。
>>156で同じワークグループだと書きましたが、それは関係ないみたいですね。
研究室のマシンがどのようにつながっているのか良くわからないのですが、
共有フォルダで互いのファイルを参照できたり同じワークグループに入って
いたりしたので、MPICHも問題なく動くものだと勘違いしていました。
WindowsでMPIを使う場合の構成の仕方が載ってるサイトの情報でも
とてもありがたいので、どなたかご教示願いいたします。
0158155
2007/01/15(月) 22:07:54ttp://www.google.co.jp/search?num=100&hl=ja&rls=GGGL%2CGGGL%3A2006-29%2CGGGL%3Aja&as_qdr=all&q=MPI+windows+filetype%3Apdf&btnG=Google+%E6%A4%9C%E7%B4%A2&lr=
googleでpdf検索すればどう設定すればいいか結構でてくるよ
あとMPIプログラミングやるなら虎の巻は読んどいた方がいいね、まあ健闘を祈る！
ところでCPUは何使ってる？
0159154
2007/01/16(火) 00:20:12レスありがとうございます。
リンクのトップに出てくるサイトで設定をしていてできなかったのです。
で、いじくってて気づいたのですが、ユーザーズガイドのシステム要件を見たら、
WindowsのHOME EDITIONは使えないのですね・・・
これはMPICH2を使えばいいのでしょうか。
MPICH2のほうのユーザーズガイドみたら特にPROに限るような記述はなかったので
HOMEでもいけるのですかね？
あと、CPUですがPentium4を使っています。
0160デフォルトの名無しさん
2007/01/16(火) 02:37:19Homeか・・・そりゃ無理だ
デュアルブートでLinux入れる気無い？何に使うかわからんがWindows環境を捨てるのも
一つの手だよ、ただMPIを動かしたいんならKnoppix MPIとか使うと簡単に起動できる
ttp://kagakububuturi.hp.infoseek.co.jp/
・・・つーかこれ高校生が作ったにしちゃあよくできてるよな
後Knoppix-MPIで使ってるMPIはLAM-MPIのほうだからMPICH使いたいならあわないかも
ttp://www20.atwiki.jp/mynote/?page=mpi
適当ですまん (;´Д`)／
0161154
2007/01/23(火) 03:52:37レス遅れてごめんなさい。
実はあれからMPICH2でやってみたところ、WindowsHomeでも動かすことができました！
たくさん相談にのっていただきありがとうございました。
ただ、今回４台で並列化行う予定なんですけど、
１台だけうまくいかないマシンがあってまた困っています。
他のマシンで２台でやってみると正常に実行できるのに、そのマシンを入れて行うと
"abort: Unable to connect to <hostname>"と出てしまいます。
設定は他のマシンと同じようにしてるつもりなのですが。
ようやくできるようになったと思ったのに、色々問題出てきますね・・・
0162デフォルトの名無しさん
2007/01/23(火) 15:13:21WinのMPICH2は使った事無いが<hostname>って言うノードが登録されてないんじゃないか？
ttp://www.imslab.co.jp/Product/eem/parallel/faq.htm
上のページの一番下が原因かも
あとMPI組んだならHPL(Linpack)ベンチマーク走らせて結果うp！
0163154
2007/01/24(水) 02:08:24レスありがとうございます！
ご指摘のとおり、アカウント名が原因でした。
あとベンチマークですが、、、余裕があったらやってみます、ｽﾐﾏｾﾝ^^;
0164デフォルトの名無しさん
2007/01/30(火) 17:50:05どのような関数を使えばいいでしょうか？
0165デフォルトの名無しさん
2007/01/30(火) 22:47:50http://pc10.2ch.net/test/read.cgi/tech/1170150974/
0166デフォルトの名無しさん
2007/01/31(水) 15:24:230167デフォルトの名無しさん
2007/02/02(金) 19:26:04つ ny
0168デフォルトの名無しさん
2007/02/05(月) 09:33:01wmpiconfig.exeでapplyボタンを押しても
<ホスト名>
Credentials for <アカウント名> rejected connecting to <ホスト名>
Aborting: Unable to connect to <ホスト名>
と表示されて設定できません。
アカウント名とパスワードは2台とも同じものを設定していて、
ファイアーウォールも切っています。
pingでもお互いを認識しています。
どなたか原因分かる方よろしくおねがいしますm(_ _ )m
マシン構成は
winXP HOME PEN4 1.6GHz
winXP PRO PENIII 800MHz
です
0169デフォルトの名無しさん
2007/02/26(月) 22:15:01何か原因に心当たりのある方はおられませんか。
printf("before\n");
MPI_Finalize();
printf("after\n");
これをやったらbeforeしか表示されません。
ちなみに[email protected]です。
0170デフォルトの名無しさん
2007/02/27(火) 01:07:310171169
2007/02/27(火) 03:48:13PC毎にパラメタが変わってこけていたという罠。
吊ってきます
Λ||Λ
0172デフォルトの名無しさん
2007/03/13(火) 00:51:59なく、PC毎に別のデータを別の処理方法で行っていて、あるPCの処理結果が別の処理中のPCの処
理に割り込んで処理方法を変えるなどということは出来るのでしょうか？
0173デフォルトの名無しさん
2007/03/20(火) 23:06:11MPI_Finalizeを呼ぶタイミングについて疑問があります。
MPI_Finalizeをmainの末尾で呼べば無事に終わるのですが、
Singletonクラスのデストラクタの中で呼んだら落ちてしまいました。
main を抜けた後に呼んではいけないでんしょうか？
環境は、MPICH2、Win XP SP2、Visual Studio 2005 です。
0174デフォルトの名無しさん
2007/05/06(日) 03:28:13データタイプがテンプレートに指定されたデータタイプによって変わる場合、
どのように設定したらよいのでしょうか？
0175デフォルトの名無しさん
2007/05/19(土) 08:51:23template<typename T> class MpiConst{};
template<double> struct MpiConst
{
static const int TYPE = MPI_DOUBLE;
};
と特殊化をしておいてから、目的の template を作る
のは、どうでしょう。
これは、MpiConstを隠蔽する改良案です。
class Base
{
protected:
Base();
~Base();
static const int TYPE = MPI_DOUBLE;
// 以下、MpiConst の定義・特殊化
};
template<typename T> TargetClass: protected Base
{ ... };
0176デフォルトの名無しさん
2007/05/19(土) 09:14:10static const ... の行を消し忘れました。
0177デフォルトの名無しさん
2007/05/21(月) 07:56:54場合とそうでない場合に別々のコードを書くことができますが、
MPIの場合はどのようにしたらよいのでしょうか？
0178デフォルトの名無しさん
2007/06/09(土) 16:58:36少なくないと思うので、お尋ねします。
1年前に構築した16ノードクラスタ(ディスクはNFS共有、ギザイーサ）が、
最近頻繁にp4_errorを起こすようになりました。
とりあえず疑わしいところからパーツを取り替えまくったのですが、全く改善しません。
特定ノードというより全体的にパラパラと障害が発生してるので、もしやネットワークかな
と思ったのですが、ネットワークに問題があるなら、rloginやsshのセッションやNFS
の読み書きにも障害が出ると思うのですが、特に問題は出ていないようです。
MPIで並列したときに限って発生します。
これからネットワークの交換を検討していますが、何かアドバイス頂けいたら幸いです。
ちなみに1年間はほぼ問題なく使えており、他の計算機でも実績があるので
プログラム側の問題ではないです。
0179デフォルトの名無しさん
2007/06/22(金) 11:04:410180デフォルトの名無しさん
2007/06/23(土) 23:33:500181デフォルトの名無しさん
2007/06/24(日) 14:51:42今頃気付いたが、ギザイーサﾜﾛｽ
巨大王墓間を高速インターコネクトで結んで世界の七不思議にでも入れたいノケ?
0182デフォルトの名無しさん
2007/06/24(日) 15:17:250183デフォルトの名無しさん
2007/06/26(火) 08:00:52中川しょ（ｒｙ
0184デフォルトの名無しさん
2007/06/27(水) 15:30:14日本語でおｋ
0185デフォルトの名無しさん
2007/06/27(水) 23:51:220186デフォルトの名無しさん
2007/06/28(木) 02:15:450187デフォルトの名無しさん
2007/06/28(木) 22:45:570188・∀・）っ-○◎●
2007/06/29(金) 02:42:040189デフォルトの名無しさん
2007/07/02(月) 16:57:33MPIを使ってさらに大規模な行列を計算させたいのですが、お薦めのライブラリを教えてください
0190デフォルトの名無しさん
2007/08/12(日) 20:42:39fedora5でひととおりmpich2をインストール、設定後に実行するとこんなんで
て困ってます。
# mpirun -n 1 date
mpiexec_ps3slave1 (send_dict_msg 632):send_dict_msg: sock= errmsg=:(32, 'Broken pipe'):
mpdtb:
/usr/local/bin/mpdlib.py, 632, send_dict_msg
/usr/local/bin/mpirun, 250, mpiexec
/usr/local/bin/mpirun, 1399, ?
mpiexec_ps3slave1: mpd_uncaught_except_tb handling:
exceptions.KeyError: 'cmd'
/usr/local/bin/mpirun 255 mpiexec
elif msg['cmd'] != 'response_get_mpdrun_values':
/usr/local/bin/mpirun 1399 ?
mpiexec()
どなたか御力をおかしください。
0191190
2007/09/03(月) 22:06:14いけました。
他にps3でクラスタやってる人の例をネットなどでみていると、結構Fedora 5で
やってる人がいるから、OSの違いでうまくいったというよりも、初回のmpiの
インストール時の設定に問題があったのかもしれません。以上。
0192デフォルトの名無しさん
2007/09/10(月) 01:30:38知ってるひといたら教えてくれい
0193デフォルトの名無しさん
2007/09/12(水) 04:50:40こんなのあった
自分は使ったことないが
ttps://sourceforge.jp/projects/mpiunit/
0194デフォルトの名無しさん
2007/09/23(日) 03:05:43つかってみたぞ
いがいとべんりだった
0195デフォルトの名無しさん
2007/09/24(月) 00:57:560196デフォルトの名無しさん
2007/09/26(水) 16:47:33チュートリアル書きたいが
どんな機能があるのがよくわからん
0197デフォルトの名無しさん
2007/09/27(木) 00:30:55虎の巻じゃだめかね
0198デフォルトの名無しさん
2007/09/27(木) 01:59:38虎の巻をたのむ
0199デフォルトの名無しさん
2007/09/27(木) 09:50:27ttp://accc.riken.jp/HPC/training/text.html
0200デフォルトの名無しさん
2007/09/27(木) 15:07:25すまねえ
193の虎の巻がほしかったんだ
0201デフォルトの名無しさん
2007/09/30(日) 00:21:40パッケージの中にあるじゃん
0202デフォルトの名無しさん
2007/09/30(日) 12:28:39あるけどわかりにくくない？
0203デフォルトの名無しさん
2007/09/30(日) 21:15:53http://sourceforge.jp/projects/mpiunit/wiki/Tutorial
0204デフォルトの名無しさん
2007/09/30(日) 21:37:27ま と も な
チュートリアルが欲しいんだよ。
0205デフォルトの名無しさん
2007/10/01(月) 03:36:48作者に直で言うしかないな
0206デフォルトの名無しさん
2007/10/01(月) 23:01:280207デフォルトの名無しさん
2007/10/04(木) 21:05:22どうせLGPLだし
204氏はどんなチュートリアルが欲しいんだい？
0208デフォルトの名無しさん
2007/10/05(金) 12:19:320209デフォルトの名無しさん
2007/10/11(木) 00:03:400210デフォルトの名無しさん
2007/10/17(水) 09:58:07使ってるよ
プログラミングの効率が上がった
0211デフォルトの名無しさん
2007/10/20(土) 20:55:500212デフォルトの名無しさん
2007/10/26(金) 21:09:070213デフォルトの名無しさん
2007/11/02(金) 21:07:27$ rpm -qa |grep mpi
openmpi-devel-1.1.1-5.el5
openmpi-libs-1.1.1-5.el5
openmpi-libs-1.1.1-5.el5
openmpi-1.1.1-5.el5
openmpi-devel-1.1.1-5.el5
手元にX86_64のPCが2台とi386のPCがあるのですが、
異種アーキテクチャのバイナリの自動選択はどうやってするのでしょうか?
全部i386で揃えろって意見もあるかもしれませんが、64bit整数演算をする
ので64bitで動かしたいんですよね。
mpichは出来るみたいですね。
http://enrico.phys.cmu.edu/QCDcluster/mpi/mpirun_mpich.html
というかOpenMPIはman マニュアル無くて悲しい。
0214デフォルトの名無しさん
2007/11/04(日) 15:00:582台ともデュアルコアなので、
/etc/mpich/machines.LINUX に
cluster1:2
cluster2:2
と記述しています。
テストを行おうと
mpirun -np 4 cpi
をしてみたのですが、1分以上待ってもプロンプトが帰ってきません。しかし
mpirun -np 3 cpi
とするとcluster1に2スレッド、cluster2に1スレッド割り当てられ計算結果がすぐ返ってきます？
4コア使い切るためにはどうしたら良いでしょうか？
0215２１３
2007/11/07(水) 00:40:14■ このスレッドは過去ログ倉庫に格納されています