今は以下のように色を一つ一つ指定しています。
配列ごとまとめて制御するにはどうすればいいのでしょうか？

Point3d[] vertex = new Point3d[6];
vertex[0] = new Point3d(-0.7, -0.1, -0.4);
//省略
vertex[5] = new Point3d(-0.6, 0.6, 0.0);

LineArray geometry = new LineArray(vertex.length,
GeometryArray.COORDINATES | GeometryArray.COLOR_3);
geometry.setCoordinates(0, vertex);

geometry.setColor(0, new Color3f(Color.magenta));
//省略
geometry.setColor(5, new Color3f(Color.red));