>後はメソッド呼び出し階層検索やら

脳内で充分こなせるけど。

>インデントの訂正

まちがえたことなんかないな。

>不要インポートの除去

*で指定して、コンパイルが通れば動くし、
異常なコードをコンパイラが生成することもない。
完全名で指定するのはなにかIDE側の都合の部分もあるし。

>プロパティファイル弄るときは native to ascii しなくてもいいし、
UTF-8で編集できるエディタなら直接編集できる。

>swing作るときはvisual editor使えばいいしね。

使いにくい。激しく。

>細かいところをあげればキリがない。

IDEってのは細かいところをまめにフォローして使いやすいでしょって
いってるところが大きいと思うんだけど、こまかいところって慣れの問題でしかない。
複数で共通の開発環境をっていうときは必要かなと思うが。
それにJavaのIDEはまだ未成熟じゃん。